国家认监委负责有机产品认证活动的统一管理、综合协调和监督工作。地方质量技术监督部门和各地出入境检验检疫机构（统称地方认证监督管理部门）按照各自职责依法对所辖区域内有机产品的认证活动实施监督检查。
开展监督检查的方式主要有：对认证机构开展监督检查，对获得认证企业进行现场检查，对获得认证的产品进行监督抽检，对产品标志使用情况进行检查等。