一般的趋势是对于原有机质含量高的土壤，随着耕种年数的递增，土壤有机质含量降低。我国人多地少、复种指数高，保持适量的土壤有机质含量是我国农业可持续发展的一个重要因素。但对于有机质含量较低的土壤(如侵蚀性红壤、漠境土等)，耕种后通过施肥等措施进入土壤的有机物质数量较荒地条件下明显增加，因而有机质含量将逐步提高。
施用有机肥以提高土壤有机质水平是我国劳动人民在长期的生产实践中总结出来的宝贵经验。我国耕地土壤的现状是有机质含量偏低，必须不断添加有机物质才能将土壤有机质，尤其是土壤活性有机质保持在适宜的水平，这样既能保持土壤良好的结构，又能不断地供给作物生长所需要的养分。主要的有机肥源包括:作物秸秆、绿肥、粪肥、厩肥、堆肥、沤肥等，在我国有些地方还有施用饼肥、蚕沙、鱼肥、河泥、塘泥的习惯，各地可因地制宜选择施用合适的有机肥源对于水稻等农作物秸秆，直接“还田”或“还地”是提高土壤有机质水平的一项有效措施,但前面已经提到，农作物秸秆的碳氮比很高，为了防止秸秆分解过程中微生物与作物争夺土壤有效态氮，必须增施一些无机氮肥，这能有效地解决因秸秆还田引起土壤有效养分短期供给不足这个问题。尽管因气候条件、土壤类型、利用方式、有机物质种类和用量等不同而使土壤有机质含量提高的幅度有显著的差异，但施用有机肥在各种土壤及其不同种植方式下都能提高耕地土壤有机质的水平。