包衣种子所使用的化学农药会带来环境污染、对有益生物产生不利影响、有害生物对农药产生抗药性等问题。有机生产中禁止使用人工合成的化学农药包衣种子，除非进行包衣的物质是有机生产允许使用的，例如微生物包衣种子。有机种植过程中禁止使用包含转基因成分的种子和种苗，有机农场禁止种植转基因作物。
在有机生产中，要求使用有机种子、种苗等植物繁殖材料，因此应在有机种植中做好留种或到有机种子专卖店购买。在没有或无法获得有机种子、种苗等植物繁殖材料的情况下，可选用未经禁用物质处理过的常规种子、种苗或植物繁殖材料。有机生产中要选择适于当地气候条件且抗病抗虫的品种。